История основания Кизического монастыря такова: в 1654-1655 годах по России прокатилась волна моровой язвы, не миновала она и Казань — только в самом городе и его окрестностях, по синодику, умерло 41698 тыс.человек. Тогда по совещанию духовных и светских властей было решено принести в город чудотворный образ Смоленской иконы Божией Матери, который находился в то время в Седмиезерной Богородичной пустыни. В трех километрах от города икона была встречена митрополитом Казанским и Свияжским Корнилием I, при большом стечении народа. Во время пребывания чудотворного образа в Казани смертельная болезнь отступила. Тогда было решено ежегодно приносить эту икону в Казань. На том месте, где была встречена святыня, водрузили святой крест, в знак того, что встречи и проводы этой иконы должны проходить именно здесь. Это событие можно считать первым моментом зарождения будущего монастыря.

В 1687 году на Казанский край снова обрушилась страшная эпидемия, в народе именуемая «трясавичной болезнью». Бедствие это продолжалось около года. Видя страдания своей паствы, митрополит Казанский Адриан (будущий Всероссийский патриарх), вспомнил о девяти святых мучениках, в городе Кизике подвизавшихся и имеющих дар исцелять от этой злокозненной болезни, и обратился к общему городскому совету с предложением поставить церковь в честь девяти святых мучеников на месте встречи чудотворной иконы, что и было поддержано всеми с величайшей радостью. В 1687 году началось строительство деревянного храма, которое было завершено к июню 1688 года, как раз ко времени встречи Седмиезерной святыни. После этого пораженные недугом люди стали исцеляться, и вскоре эпидемия совершенно прекратилась. С  тех пор этот храм, находящийся на возвышенности, сделался местом массового паломничества, в который стали стекаться пожертвования.

По ходатайству Митрополита Адриана здесь был основан Кизический монастырь. Документы об этом свидетельствуют так:

«В лето 7195 (1687 г.)… Преосвященный Адриан Митрополит Казанский и Свияжский путешествие творя, Богом наставляем, обрете по рачению сердца своего, от града Казани, за полтора поприща, на бору место прекрасно и к созиданию монастыря и к обитанию угодно…»

Вскоре Преосвященный Адриан был переведен в Москву. Став Всероссийским Патриархом, он не оставил своего заботливого попечения о монастыре, оказывая ему всестороннюю помощь. Так, в июле месяце 1693 года в обитель были принесены мощи девяти Кизических мучеников, еще в 1654 году привезенные Кизическим Митрополитом Анемподистом Государю Михаилу Феодоровичу. Получение такой великой святыни стало большой радостью для монастыря. Более того, на следующий год Патриарх прислал грамоту митрополиту Казанскому Маркелу, в которой предписывалось выносить икону девяти Кизических мучеников с их мощами в дни встречи и обношения чудотворного Седмиезерного образа и так же обносить ее по храмам и домам православных. Кроме образа святых мучеников, Патриарх Адриан прислал чудотворный образ Божией Матери, именуемый Кизическим. Следует сказать, что Кизическая обитель на протяжении долгого времени являлась летней резиденцией Казанского Митрополита (настоящий же архиерейский дом был построен лишь при императрице Екатерине, т.е. почти через сто лет).

В следующем, 1695 году, Патриархом был подарен монастырю атласный антиминс, на котором сбоку были перечислены имена первых и наиболее значимых деятелей обители.

После прихода Советской власти жизнь монастыря изменилась. В 1918 году обитель была закрыта, монахи изгнаны. Монастырь подвергся разорению. В 1930 году были разрушены основные постройки монастыря, а оставшиеся помещения переданы в ведение Красной армии. Позднее в них расположился военный комиссариат района, складские помещения, гаражи.

Возрождение духовной жизни Кизического монастыря началось в 2001 году. В 2006 году сохранившиеся строения были полностью освобождены и возвращены Казанской епархии. В монастыре проводятся реконструкционно-востановительные работы. В  декабре 2007 года состоялось открытие и освящение храма в честь девяти мучеников Кизических. В настоящее время ведутся работы по ремонту братского корпуса и епархиальной гостиницы для паломников. 23 октября 2010 года архиепископом (ныне митрополитом) Анастасием был освящен обновленный храм в честь святого равноапостольного князя Владимира.